一、起诉期限问题
行政诉讼与行政行为的效率、法律安定性等紧密相关。为使争议的法律关系尽早确定，避免行政行为合法性长期悬而未决损害公共利益，行政诉讼中设置了起诉期限制度。原告必须在起诉期限内提起行政诉讼，此为案件受理条件之一。公民、法人或者其他组织提起行政赔偿诉讼时，侵权行政行为未被确认为违法的，人民法院应视为一并提起侵权行政行为诉讼，并对侵权行政行为诉讼是否符合行政诉讼法规定的起诉条件依法进行审查，而起诉期限是审查要件之一。但是单独提起的行政赔偿适用国家赔偿法第三十九条规定的时效制度，不适用行政诉讼法有关起诉期限的规定，因此在受理阶段不能按照起诉期限制度予以立案审查。
未告知复议申请权或者申请期限的复议期限问题。行政机关在征收土地决定作出后，没有告知被征收人申请行政复议的权利、行政复议机关或者申请期限的，行政复议申请期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道申请行政复议的权利、行政复议机关或者申请期限之日起计算，但从知道或者应当知道征收土地决定内容之日起最长不得超过2年。如王某等人诉某省政府土地行政复议决定案，该案现有证据不足以认定某市政府、原某市国土资源局已发布《征用土地公告》《征地补偿、安置方案公告》，王某等人申请复议期限应适用2年期限。
请求确认行为无效案件的起诉期限问题。《行诉解释》第九十四条规定：公民、法人或者其他组织起诉请求撤销行政行为，人民法院经审查认为行政行为无效的，应当作出确认无效的判决。公民、法人或者其他组织起诉请求确认行政行为无效，人民法院审查认为行政行为不属于无效情形，经释明，原告请求撤销行政行为的，应当继续审理并依法作出相应判决；原告请求撤销行政行为但超过法定起诉期限的，裁定驳回起诉；原告拒绝变更诉讼请求的，判决驳回其诉讼请求。第一百六十二条规定：公民、法人或者其他组织对2015年5月1日之前作出的行政行为提起诉讼，请求确认行政行为无效的，人民法院不予立案。重大且明显违法的行政行为即无效行政行为自始、绝对无效，不因时间的推移而具有合法效力。行政诉讼法及司法解释均未明确规定确认行政行为无效是否受起诉期限的限制，但从上述条款中可以看出，当事人对2015年5月1日之后作出的行政行为提起确认无效诉讼的，不受起诉期限的限制，应予立案。为避免当事人滥用确认无效请求以规避起诉期限制度，原告一方应当对行政行为符合无效的情形承担举证责任，被告一方亦可提出证据否定对方主张。人民法院应当审查行政行为是否属于无效情形，认为行政行为属于无效情形的，则不受起诉期限的限制；认为行政行为不属于无效情形的，人民法院应当向原告予以释明。原告变更请求撤销行政行为的，人民法院应当继续审理并审查是否符合撤销之诉的法定起诉期限，超过法定起诉期限的，裁定驳回起诉；原告拒绝变更诉讼请求的，判决驳回其诉讼请求。如王某诉某区政府确认征补协议无效案，王某于2019年5月提起诉讼，请求确认其与区政府于2017年7月签订的《住宅房屋附着物征迁补偿协议书》无效。被诉协议的订立时间在2015年5月1日之后，王某要求确认征补协议无效的诉讼请求是确认无效诉讼，不受起诉期限的限制，因此其提起该案诉讼未超过起诉期限。
起诉期限的扣除问题。行政诉讼法第四十八条第一款规定：公民、法人或者其他组织因不可抗力或者其他不属于其自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。（1）当事人提交的证据材料能够证明其在法定起诉期限内提起诉讼的，人民法院在审查起诉期限时应当审慎审查当事人提起行政诉讼是否超过起诉期限。（2）当事人基于对行政机关的信赖，等待其就相关争议事项进行协调、处理，导致耽误起诉期限，属于非自身原因耽误起诉的情形，被耽误的时间不计算在起诉期限内。如刘某诉某县政府行政赔偿案，刘某提供了相关证据证明某县政府引导其将本不属于仲裁受理范围的争议申请仲裁，导致其未在行政复议期满十五日内向人民法院提起诉讼，某县政府出具说明亦认可此事。某县政府将争议引入仲裁程序而被耽误的时间应予扣除。
二、重复起诉认定问题 禁止重复起诉是诉讼系属效力的体现，同一当事人就同一诉讼标的不能再重新提起诉讼。根据《行诉解释》第一百零六条的规定，构成重复起诉须同时满足三个条件：一是后诉与前诉的当事人相同；二是后诉与前诉的诉讼标的相同；三是后诉与前诉的诉讼请求相同，或者后诉的诉讼请求被前诉裁判所包含。实践中，如果当事人就同一事实反复提起不同种类的诉讼，虽然其诉讼请求不同，但并无实质差异，亦为重复起诉。 未同时满足当事人相同、诉讼标的相同、诉讼请求相同条件的，一般不认定为重复起诉。判断后诉与前诉案件是否具有同一性，应同时具备当事人相同、诉讼标的相同、诉讼请求相同三个条件。其中诉讼请求相同，可以是诉讼请求完全相同，也可以是后诉的诉讼请求实质上被前诉裁判所包含。 同一行为的撤销诉讼与确认违法诉讼构成重复起诉。当事人针对同一行政行为提起撤销之诉，再次提起确认违法之诉的，后诉因前诉已进行全面的合法性审查而构成重复起诉。如甲公司诉某区政府答复意见违法案，甲公司不服区政府作出的答复意见提起诉讼，请求确认答复意见违法。甲公司对答复意见不服，已经提出撤销之诉，其再次就答复意见提起该案确认违法之诉，两诉原、被告相同，诉讼标的相同。诉讼请求虽存在不同之处，但无论撤销之诉还是确认违法之诉，人民法院均会对涉案行政行为作出全面审查和评价。实体上，后诉均会因前诉已进行全面的合法性审查而构成重复起诉。 为生效裁判所羁束的认定问题。（1）既判力理论要求对于已经被生效裁判确定的法律效果，排除任何重新审理及裁判，且在嗣后的诉讼程序中，不得作出与确定判决内容相反的裁判。生效民事裁定已经认定被诉行为是行政行为，驳回当事人的民事诉讼起诉的，在生效民事裁定尚未被依法撤销的情况下，一、二审又以“本案不属于行政诉讼的受案范围”为由裁定驳回起诉，与生效的民事裁定相抵触，即便应当属于民事诉讼，也应当中止审理，通过审判监督程序撤销生效民事裁定后，恢复审理，依法作出裁判。（2）《行诉解释》第六十九条第一款第九项规定：对诉讼标的已为生效裁判或者调解书所羁束的，已经立案的，应当裁定驳回起诉。对于当事人而言，其就已经被生效裁判或者调解书所羁束的诉讼标的，不得再次起诉。一般而言，未经立案审理，行政行为被羁束很难成立，因此应谨慎适用“已为生效裁判所羁束”的规定。人民法院在判断该案诉讼是否受生效判决效力所羁束时，必须要审查诉讼标的是否同一。审查时，不仅需要审查当事人所诉行政行为与作出生效判决案件所审查的行政行为的同一性，而且要注重审查不同案件的当事人之间是否存在相同或相似的诉的理由与诉的利益，应当在充分比较、鉴别的基础上，审慎认定诉讼标的是否“已为生效裁判所羁束”。如张某诉某区政府房屋征收决定案，另案已对征收决定进行了审理，生效判决确认征收决定符合法律规定。该案与前诉的当事人并不相同，能否适用既判力理论需要审理确定，应就再审申请人原审诉求及理由是否涵盖于上述生效判决中原告的诉讼理由之中、诉的利益是否相同及是否存在个案中有别于其他人的、特定的、需要法律保护的合法诉讼利益与实体权益等进行全面审查。